通常情况下，新生儿乙肝疫苗在新生儿刚出生24小时内就会注射乙肝疫苗。术后一个月及出生6个月后再注射。

新生儿乙肝疫苗的注射时间是按照0、1、6这一程序来进行的。如为乙肝母亲的孩子，出生后应及时注射乙肝疫苗第一支及乙肝免疫球蛋白，以阻止乙肝感染，其后两次注射需1、6个月。

新生儿越早接种乙肝疫苗越好，出院时，医护人员会给一张疫苗接种卡片，1、6个月时，拿着这张卡片和新生儿的医疗证明和家长的身份证到当地医院进行乙肝疫苗接种。

一般而言，孩子出生后，只要无禁忌证，便可给婴儿注射第1针乙肝疫苗。一般只要接种三次，就能产生保护性抗体，一般能维持3～6年。