新生儿棉签掏鼻屎，可能会出现鼻黏膜损伤、鼻腔出血、鼻腔防御能力下降等危害，从而影响正常的生长和发育。

1、鼻黏膜损伤

由于新生儿的鼻腔防御能力较弱，使用棉签掏鼻屎，可能会对鼻黏膜造成损伤的情况，从而伴随着打喷嚏、鼻痒等不适的症状。

2、鼻腔出血

由于鼻腔内的血管比较丰富，使用棉签掏鼻屎以后还会破坏鼻前庭的血管，从而伴随着鼻出血的症状。

3、鼻腔防御能力下降

另外，还会导致鼻腔的防御能力出现下降的情况，容易造成受凉感冒的现象；还会吸入空气中的花粉、灰尘等物质，使鼻腔内受到一定的刺激。

除了上述危害以外，还可能会造成过敏性鼻炎、肺部感染、颅内感染等危害。如果危害比较严重，需要到正规医院进行检查并治疗，以免延误病情。