宝宝脚趾甲变厚发黄可能是由于缺钙，真菌感染，缺乏微量元素等原因引起的，可遵医嘱治疗。

1、缺钙

如果宝宝钙摄入不足或者吸收异常，可能就会导致宝宝出现指甲颜色改变或形状改变。

2、缺乏微量元素

如果宝宝体内缺乏锌，硒，铁等微量元素，可能也会使指甲出现条纹、凹陷或颜色改变。

3、真菌感染

如果家庭成员中有存在甲真菌感染或者灰指甲的患者，宝宝可能会由于感染性因素，而出现指甲发黄或发厚的现象。

除此之外，也可能是由于宝宝出现了其他全身系统性疾病引起的，建议家长及时带宝宝去医院就诊。