中医上常用火麻仁治疗呕逆、大便不畅、大便次数少、小便不利、虚劳、下焦虚热、骨节烦疼、肌肉急、产后血不去等症状，可用于预防术后大便干燥。但是火麻仁长时间服用会有副作用，包括导致消化道不适、加重肾脏负担和中毒反应。

1、导致消化道不适:火麻仁中的脂肪油可刺激肠黏膜，使其分泌增多，蠕动加快，并减少大肠吸收的水份，故有泻下作用。脾胃虚寒者如长期大量服用火麻仁，有可能伤及胃肠，引起消化道不适，如便稀稀、腹泻等；

2、增加肾脏负担:因为服用火麻仁后可经肾脏代谢，所以长期服用可能加重肾脏的负担；

3、发生中毒反应:由于火麻仁中含有麻酚，它对神经系统有很强的致幻作用。所以长时间大量服用火麻仁会导致中毒，病人可出现恶心、呕吐、腹泻、手脚发麻、精神障碍、瞳孔散大等症状。

另外，孕妇要谨慎使用火麻仁，服用后有可能刺激子宫收缩，引起流产、早产等。有便秘的病人应多吃富含纤维素的食物，比如柚子、香蕉、菠菜、芹菜等等，同时要多喝水，以软化粪便，从而促进排便，也可以进行适当的锻炼，如仰卧起坐、骑车等，以促进胃肠蠕动，避免长期依赖于药物的作用。