3个月宝宝突然夜醒频繁可能与消化不良或者是肠痉挛的原因有关，也有可能是缺钙的原因造成的。

1、消化不良

如果宝宝出现了受凉或者是吃奶过多，可能会引起食物不能够完全消化，并且会造成肠胃功能的紊乱之外，会引起宝宝的腹痛或者是腹胀的症状，引起夜间的频繁醒来。可以通过服用益生菌进行调理，比如双歧杆菌三联活菌胶囊，能够调节肠道的菌群平衡。

2、肠痉挛

宝宝出现肠痉挛可能与受凉或者是暴饮暴食有关，会造成肠壁平滑肌出现阵发性的强烈收缩，从而会造成出现急性的腹痛，造成宝宝突然夜间频醒。可以通过对腹部进行按摩，或者是使用阿托品等药物进行调理，能够起到解痉止痛的效果。

3、缺钙

如果宝宝的体内钙元素缺失过多，可能会造成神经肌肉的兴奋度增高，可能会在夜间出现宝宝腿部的撑筋引起腿部的疼痛或者是麻木，造成夜醒频繁。可以通过口服葡萄糖酸钙或者是乳酸钙进行调理。

由于宝宝突然夜醒频繁的原因包括很多，还需要及时到医院进行相关检查来确诊。