宝宝晚上睡觉摇头可能是生理性因素、维生素D缺乏、湿疹或皮肤问题、中耳炎以及神经系统问题等原因引起的，需根据具体原因进行处理。

1、生理性因素

宝宝处于浅睡眠状态时可能出现无意识摇头、蹬腿等动作，属于正常生理现象。若因环境温度过高、被子过厚导致出汗，宝宝也可能通过摇头缓解不适。家长需调节室温至24℃左右，选择透气性好的纯棉寝具，避免过度包裹。

2、维生素D缺乏

缺乏维生素D会引起神经兴奋性增高，表现为夜惊、多汗、摇头等症状。建议每日补充维生素D400IU，多进行户外活动晒太阳，6个月以上宝宝可适当添加蛋黄、动物肝脏等富含维生素D的辅食。

3、湿疹或皮肤问题

头颈部湿疹引起的瘙痒会导致宝宝频繁摇头蹭痒。可使用炉甘石洗剂局部涂抹，严重时遵医嘱应用地奈德乳膏。日常需保持皮肤清洁，沐浴水温控制在38℃左右，避免使用碱性洗护产品。

4、中耳炎

急性中耳炎会导致耳部疼痛，宝宝可能通过摇头缓解不适，常伴有抓耳、哭闹、发热等症状。需及时就医，遵医嘱使用阿莫西林颗粒等抗生素治疗，配合布洛芬混悬液退热止痛。

5、神经系统问题

若伴随抽搐、发育迟缓等症状，需警惕癫痫、脑损伤等神经系统疾病。应进行脑电图、头颅MRI等检查，确诊后需在儿科神经专科医生指导下进行针对性治疗。

若宝宝摇头频率过高或伴随异常症状，建议尽早就医检查。日常需注意观察摇头发生时间、持续时长及伴随症状，记录宝宝睡眠状态变化，就诊时向医生详细描述。避免自行使用偏方或药物，以免延误病情。