半夜肛门里面坠痛醒来的原因有便秘、痛经、肛周脓肿等，应该及时的做出改善，也可以达到治疗作用。

1、便秘

长时间排便不规律的情况下，可能会引起便秘，而且也会导致肛门部位出现坠痛，可以通过顺时针按摩的方法来改善。

2、痛经

如果女性正处于月经期间，可能会出现明显的痛经，而且也会导致肛门里面有坠痛感，可以通过腹部热敷来改善。

3、肛周脓肿

在排便时间过久的情况下，可能会导致肛周脓肿，容易导致腹部或者肛门部位出现疼痛的现象，还需要通过做手术的方法来治疗。

除此之外，也不排除是肛周囊肿所致，还需要及时到医院做拍片的检查。